– Comparten con las bacterias la presencia de enzimas topoisomerasas y girasas similares, lo que representa una evidencia “indirecta” de la “cercanía” en cuanto a la estructura cromosómica de ambos grupos de organismos.
Sin embargo, los genes de las arqueas muestran una gran homología con muchos genes eucariotas, especialmente con aquellos cuyo descubrimiento deriva de estudios con antibióticos.
– La maquinaria de replicación, transcripción y traducción de eucariotas y arqueas es muy parecida, sobre todo respecto a la enzima ADN polimerasa.
– Sus genes codificantes para proteínas no tienen intrones (pero otros sí), caso contrario a los genes eucariotas. Además, las arqueas tienen proteínas similares a las histonas asociadas con su ADN, presentes en eucariotas y ausentes en bacterias.
– Se caracterizan por la presencia de éter-lípidos de isoprenil en sus membranas celulares, así como por la ausencia de lípidos acil-éster y de un ácido graso sintetasa.
– Una de las subunidades de su enzima ARN polimerasa está dividida y sus ARN mensajeros, así como en las bacterias, no poseen “capuchas” (del inglés cap) en sus extremos 5´.
– Tienen un rango muy específico de sensibilidad a antibióticos y poseen enzimas de restricción tipo IImuy parecidas a las que se han descrito para las bacterias.
– Otra característica importante tiene que ver con el hecho de que gran parte de las arqueas poseen pared celular, pero a diferencia de las bacterias, esta no está compuesta por peptidoglicano.